โรงเรียนวัดนาคปรก สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษากรุงเทพมหานคร สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ เปิดทำการสอนตั้งแต่ระดับชั้นอนุบาลปีที่ ๑ - ๖ เดิมชื่อโรงเรียนสตรีวัดนาคปรก ก่อตั้งเมื่อเดือนเมษายน พ.ศ.๒๕๐๒ สังกัดกรมวิสามัญศึกษา และมีนางสำอาง ภมรพล เป็นครูใหญ่คนแรกและเปิดรับนักเรียนมัธยมศึกษาปีที่ ๑ รอบบ่าย จำนวน ๒ ห้องเรียน

          พ.ศ.๒๕๐๓  เปิดสอนตั้งแต่ชั้นเด็กเล็ก ถึง ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๖ และได้รับงบประมาณก่อสร้าง            อาคารเรียนแบบอนุบาลวัดปรินายก ๔ ชั้น ใต้ถุนเป็นห้องโถง  ทางราชการได้ตั้งชื่ออาคารหลังใหม่นี้ว่า              “อาคารเฉลิมพระเกียรติ ๖๐ พรรษา รัชกาลที่ ๙ ”

พ.ศ.๒๕๐๔  ทางราชการได้โอนโรงเรียนสตรีวัดนาคปรกมาสังกัดกรมสามัญศึกษา มีชื่อว่าโรงเรียน            วัดนาคปรก

พ.ศ.๒๕๑๐  ได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียนเพิ่มอีก ๑ หลัง เป็นแบบ ๐๐๔ ก่อสร้างในที่ดินวัดนาคปรก เปิดสอนชั้น ป.๕ – ๗ 

พ.ศ.๒๕๒๐  เปิดรับนักเรียน ม.ศ. ๑ จำนวน ๔ ห้องเรียน รวมเป็น ๓๐ ห้องเรียน

พ.ศ.๒๕๒๑  ยุบชั้นมัธยมศึกษาและได้รับอนุญาตให้เปิดสอนระดับก่อนประถมศึกษาในชั้นเด็กเล็ก มี ๓๐ ห้องเรียน

พ.ศ.๒๕๒๒  เปิดสอนชั้นเด็กเล็กถึงชั้น ม.ศ.๓  จำนวน ๓๔ ห้องเรียน

พ.ศ.๒๕๒๓  เปิดสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ ถึง ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๖ ตามหลักสูตรประถมศึกษา

พ.ศ.๒๕๒๔  โรงเรียนได้รับการปรับปรุงตำแหน่งผู้บริหารโรงเรียนเป็นผู้อำนวยการโรงเรียน เปิดสอนตั้งแต่ชั้นเด็กเล็ก ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่  ๖

พ.ศ.๒๕๓๘ – ๒๕๔๓ นายประเสริฐ นิตย์มี ได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนวัดนาคปรก เนื่องจากจำนวนนักเรียนลดต่ำกว่าเกณฑ์ 

พ.ศ.๒๕๔๕–๒๕๔๗  นางเพ็ญศรี กรุณี ได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนวัดนาคปรก

พ.ศ.๒๕๔๖ มีการปรับเปลี่ยนโครงสร้างกระทรวงศึกษาธิการให้อาจารย์ใหญ่ปฏิบัติหน้าที่ผู้อำนวยการสถานศึกษาโรงเรียนวัดนาคปรก

๔ พฤศจิกายน พ.ศ.๒๕๔๗  นางเพ็ญศรี กรุณี ได้รับการแต่งตั้งให้ไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการสถานศึกษาโรงเรียนวัดชัยชนะสงคราม แต่งตั้งให้นางสาวประเสริฐศรี ชื่นจิตต์ผ่อง ข้าราชการครูรักษาราชการแทนผู้อำนวยการสถานศึกษาโรงเรียนวัดนาคปรก 

          ๑๔ มิถุนายน พ.ศ.๒๕๔๘ นายรักไทย ธนวุฒิกุล ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการสถานศึกษาโรงเรียนวัดนาคปรก         

          ๓ มีนาคม พ.ศ.๒๕๕๒  นางสาวกรชนก  เนตรโอภารักษ์ ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการสถานศึกษาโรงเรียนวัดนาคปรก

          ๑ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๖๔ นายสุไกรฤกษ์ ลัดกรูด ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการสถานศึกษาโรงเรียนวัดนาคปรก ถึงปัจจุบัน